Sont alors mis en place des protocoles d'inventaires de certaines espèces plus particulièrement menacées ou indicatrices et de leurs habitats. Sur les stations sensibles et/ou majeures, des études plus fines ainsi que des suivis à l’échelle de populations locales peuvent être réalisées. Elles permettent de mieux cerner l’écologie et la biologie des espèces, leur état de conservation et les enjeux qui y sont liés.

Toutes les données produites servent à définir des stratégies d’actions en faveur de la préservation de la biodiversité. Elles sont diffusées pour contribuer aux diverses politiques environnementales et à l’initiation d’actions de conservation avec des partenaires œuvrant dans le domaine de la gestion des milieux naturels.

Ce dispositif s’intègre dans le Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP Bourgogne), mis en place par le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable et de l’Énergie et dans la Stratégie Régionale pour la Biodiversité.